Sulla base delle indicazioni scientifiche e tecniche emerse nella fase di valutazione del rischio che induce il decisore ad accettare o meno, con eventuali limitazioni e prescrizioni, il rischio valutato, viene effettuata la gestione del rischio; essa pertanto si basa sull’applicazione di adeguati meccanismi, misure e strategie per regolamentare, gestire e controllare i rischi identificati e associati all’utilizzazione, alla manipolazione e ai movimenti transfrontalieri degli OVM.

Aspetto importante nel processo di gestione del rischio derivante da OVM è costituito dal cosiddetto monitoraggio post-rilascio, ossia dall’attività di osservazione nel periodo successivo all'emissione nell’ambiente dell’OVM. Il monitoraggio consente di:

• verificare l’efficacia delle misure di contenimento adottate da chi esegue il rilascio e la loro conformità alla normativa vigente;
• controllare che non emergano effetti negativi dell’OVM sulla salute umana, animale e sull’ambiente, derivanti da fattori non previsti nella fase di valutazione del rischio.

La Commissione europea ha delegato agli Stati membri il compito di elaborare norme per la coesistenza tra colture transgeniche, convenzionali e biologiche e ha fornito indicazioni utili allo scopo attraverso le linee guida contenute prima nella Raccomandazione 2003/556/CE del 23 Luglio 2003 e successivamente nella Raccomandazione 2010/C 200/01 del 13 luglio 2010 che ha abrogato la precedente.

L'eterogeneità delle tecniche colturali e la diversità delle condizioni economiche e ambientali nei paesi dell'UE richiedono infatti la messa a punto di misure opportune per evitare la presenza involontaria di OGM  in altri tipi di colture, come le colture tradizionali e biologiche; nello stesso tempo occorre offrire ai consumatori europei una reale possibilità di scelta, non solo attraverso un sistema efficace di etichettatura e tracciabilità degli OGM, ma anche attraverso la capacità del settore agricolo di fornire diversi tipi di prodotti.

La Raccomandazione 2010/C 200/01 prevede inoltre che, in presenza di determinate condizioni economiche e naturali, gli Stati membri possono vagliare la possibilità di escludere la coltivazione di OGM da vaste zone nel loro territorio, onde evitare la presenza involontaria di OGM nelle colture convenzionali e biologiche. In presenza di determinate condizioni economiche e naturali, gli Stati membri possono vagliare la possibilità di escludere la coltivazione di OGM da vaste zone nel loro territorio, onde evitare la presenza involontaria di OGM.

Nell'impossibilità di escludere la presenza involontaria di OGM nelle colture convenzionali e biologiche attraverso le misure di coesistenza, la regione Friuli Venezia Giulia, con la legge regionale 08 aprile 2011, n. 5, ha vietato la coltivazione su tutto il territorio regionale di mais OGM, con la legge regionale 20 gennaio 2015, n. 2, la regione Valle d'Aosta vieta la coltivazione di qualsiasi OGM sull'intero territorio regionale.

L’Unione europea ha attuato gli obblighi previsti dal Protocollo di Cartagena sulla biosicurezza attraverso:
1) La direttiva 2001/18/CE sull'emissione deliberata nell'ambiente di OGM che stabilisce una metodologia comune tra tutti gli Stati membri dell’UE per:

• effettuare la valutazione del rischio sulla base di argomentazioni scientifiche comuni e rilevanti per identificare i possibili effetti negativi degli OGM sull’ambiente e la salute umana e animale;
• applicare strategie di gestione per tutti i possibili rischi derivanti dall’emissione deliberata nell’ambiente a scopo sperimentale o dall’immissione in commercio di OGM;
• regolamentare l’attività di monitoraggio successivamente all’emissione deliberata nell’ambiente a scopo sperimentale o commerciale di OGM, indicando le modalità per effettuarlo e le regole per la tracciabilità;
• definire un meccanismo che modifica, sospende o interrompe l’emissione deliberata nell’ambiente di un OGM qualora diventino disponibili nuove informazioni relative al rischio di emissione;
• promuovere l’informazione e la consultazione del pubblico.

La direttiva (UE) 2015/412 ha modificato la direttiva 2001/18/CE, per quanto concerne la possibilità per gli Stati membri di limitare o vietare la coltivazione degli OGM sul loro territorio.

2) Il regolamento (CE) n. 1946/2003, sui movimenti transfrontalieri di OGM, che contiene specifiche disposizioni in materia di esportazione di OGM dall’Unione europea verso Paesi terzi, disposizioni non contemplate nella direttiva 2001/18/CE.
3) Il regolamento (CE) n. 1829/2003 relativo agli alimenti e ai mangimi geneticamente modificati, che regola l’immissione in commercio dei prodotti destinati all’alimentazione umana o animale che contengono o sono costituiti da OGM o sono ottenuti da OGM. L’Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare istituita con il regolamento (CE) n. 178/2002 produce pareri scientifici sulla valutazione della sicurezza di alimenti e mangimi GM.
4) Il regolamento (CE) n. 1830/2003 concernente la tracciabilità e l'etichettatura di OGM e la tracciabilità di alimenti e mangimi ottenuti da OGM.

• Legislazione dell'Unione europea di carattere generale
• Legislazione dell'Unione europea per l’immissione in commercio di OGM

Sentenza del Consiglio di Stato del 6 febbraio 2015 n. 605, in merito al ricorso 4252/2014 proposto da Giorgio Fidenato contro il Ministero della Salute, il Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, il Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare e la regione Autonoma Friuli Venezia Giulia.

Sentenza del Tar del Lazio del 24 aprile 2014, n. 4410, in merito al ricorso n. 10302 del 2013 per l'annullamento del decreto 12 luglio 2013.

Decisione del Consiglio di Stato del 19 gennaio 2010 n. 183, in merito al ricorso 8239/2008 proposto dall’azienda Dalla Libera contro il Ministero delle politiche agricole, alimentari e forestali.

Sentenza  della Corte Costituzionale del 17 marzo 2006, n. 116, in merito alla legittimità costituzionale del decreto legge 22 novembre 2004, n. 279 convertito in legge 28 gennaio 2005, n. 5.