Il Protocollo non si applica al movimento transfrontaliero di organismi viventi modificati che sono prodotti farmaceutici per uso umano che sono disciplinati da altri accordi o da organizzazioni internazionali pertinenti (art. 5).

Il Protocollo prevede:

  • una procedura di accordo preliminare in cognizione di causa (Advanced Informed Agreement, AIA), che si applica anteriormente al primo movimento transfrontaliero di organismi viventi modificati (OVM) destinati ad essere intenzionalmente introdotti nell’ambiente della Parte importatrice (art. 7);
  • una procedura per gli organismi viventi modificati che sono destinati ad essere utilizzati direttamente per l’alimentazione umana e animale o ad essere trasformati (Food or Feed, or for Processing, FFP) (art. 11).

La procedura di accordo preliminare in cognizione di causa assicura al Paese importatore l'accesso a tutte le informazioni necessarie per valutare i rischi ambientali legati agli OVM e la possibilità di prendere una decisione prima dell'importazione, in accordo con il principio di precauzione.

La seconda procedura prevede che la Parte che intende utilizzare sul territorio nazionale OVM che possono essere soggetti a movimenti transfrontalieri per FFP informi le Parti attraverso la Biosafety Clearing House.

Il Protocollo fissa, inoltre, i principi e le metodologie sulla valutazione del rischio (allegato III del Protocollo) e, in caso di rilascio accidentale di OVM, le Parti devono adottare misure per la gestione del rischio (artt. 16-17).

Le Parti devono garantire che gli OVM siano manipolati, imballati, trasportati in condizioni di sicurezza ed opportunamente etichettati. Inoltre, la loro spedizione transfrontaliera deve essere accompagnata da idonea documentazione che specifichi, tra l'altro, l'identità dell’OVM e i soggetti da contattare per ulteriori informazioni (art. 18).

Le Parti, durante il processo decisionale per l’importazione, possono anche tenere conto di considerazioni di natura socio-economica (art. 26).